Eso no se resuelve solo con una query, debes controlar cuantos marcages tiene cada trabajador en un dia, tratar los casos donde haya anomalias (entradas sin salidas, o salidas sin entradas....)
Pero
supongamos que los trabajadores solo entran y salen una vez por dia y nunca se olvidan de marcar.
Las entradas
Las salidas
Todo junto
Código MySQL:
Ver original Ent.Nombre,
Ent.Fecha,
Ent.Entradas,
Sal.Salidas,
SUBTIME(Sal.Salidas
,Ent.Entradas
) TotalHoras
(SELECT Cedula
,Nombre
,Fecha
,Hora Entradas
(SELECT Cedula
,Nombre
,Fecha
,Hora Salidas
AND Ent.Cedula
=Sal.Cedula