Si haces inserciones iterativas, serán lentas en cualquier DBMS que uses, así fuese Oracle, DB2, SQL Server, PosgreSQL, MySQL... o SQLite. Es igual, porque se realiza una a una indefectiblemente, y allí estás afectados por los cambios de contexto del sistema (overhead), por la actualización de índices, las validaciones de FK, etc., etc., etc...
Los únicos caminos prácticos son inserts masivos, los que pueden ser o bien insertando todo desde un archivo plano, con los datos correctamente formateados (no sé si SQLite lo admite), o bien crear un único INSERT con N grupos de valores, que dependerá de lo que Java pueda hacer.
Esta última opcion es lo que equivale a:
Código SQL:
Ver originalINSERT INTO tabla (campo1, campo2, campo3)
VALUES (?,?,?), (?,?,?), (?,?,?), (?,?,?), (?,?,?), (?,?,?),...
El problema de la segunda opción es que si no me equivoco no podrás usar variables para poner los datos paramétricamente. Probablemente debas resolverlo como una cadena de caracteres.
Peor eso ya es tema de programación (off-topic de este foro).