Empecemos por el principio: phpMyadmin
no es MySQL. Es una interfaz programada en PHP para gestionar el MySQL de un modo amigable, pero no está necesariamente bien creada, ni programada, y ni siquiera
pensada.
Si quieres trabajar mas o menos bien, de un modo eficeinte, usa otra cosa, como por ejemplo MySQL Workbench.
Por otro lado, si la interfaz gráfica te falla, siempre tienes la posibilidad de crear las FK en forma manual
escribiendo las sentencias en laventana de SQL.
Esa sería una buena posibilidad.
Lo que quiero decir con esto es que el problema que tienes
no es con MySQL, sino con phpMyadmin, y ese puedes sortearlo dejando de lado la interfaz gráfica.
Ahora bien, hagamos una aclaración: Crear un índice sobre dos columnas no quiere decir que estés creando una FK. Son cosas diferentes.
En cuanto a phpMyadmin, prueba lo siguiente:
http://www.binarytides.com/create-fo...ey-phpmyadmin/
En realidad con MySQL Workbench es más simple.