Hola de nuevo.
La diferencia es que addOutputFilter añade filtros por extensiones del archivo:
Eso añade filtro a todos los archivos con extensión .shtml
En cambio setOutputFilter se utiliza en un contexto determinado, como por ejemplo dentro de la directiva Files como haces en tu código.
Código Apache:
Ver original<Files ~ "\.shtml$">
SetOutputFilter INCLUDES
</Files>
Hacen lo mismo pero de diferente forma.