Porque en cada iteración estás asignando a $mensaje el valor de $cantidad[$i], no lo estás agregando, para eso debes concatenar, ejemplo:
Código PHP:
Ver original// Primero debes inicializar la variable para evitar errores
$mensaje = '';
for($i = 0; $i < count($item); $i++) { // Haces la inserción a base de datos y, después:
$mensaje = $mensaje . $cantidad[$i] . '<br/>';
// Ves los puntos?, son los que hacen que se unan los valores en vez de sobreescribir
// De hecho, esa línea puede simplificarse un poco así:
$mensaje .= $cantidad[$i] . '<br/>';
// Solo usa una de las dos xD
}