Duda Sobre modificar datos al realizar select

[MatiasFiermarin]

Buenos días a todos, hace unas semanas he publicado lo siguiente http://www.forosdelweb.com/f86/calcular-horas-trabajadas-1101234/
donde me han dado una respuesta a lo que necesitaba pero me quedaron unas dudas.

Lo que me gustaría preguntar es como se haría cuando las personas se olvidan de marcar la salida o por ejemplo marcan 2 veces la entrada con diferencia de 1 seg (ejemplo) o marcan doble salida donde debería una ser entrada. La solución que he encontrado yo (aunque es algo tediosa para el usuario) es modificar y borrar los registros a mano por medio de un formulario que he hecho, pero si hubiese un método para automatizar esto seria espectacular.

Por otro lado al calcular las horas trabajadas se guardan en una tabla "ccte" que tiene cada usuario donde se guarda el tiempo que trabajo hasta el ultmio segundo. El problema en que me encuentro ahora y esto si seria una necesidad urgente seria lo siguiente, a la tabla que contiene las siguientes columnas

Id
Cedula
Nombre
Hora (aaaa-mm-dd hh:mm:ss)
Entrada (I-O) Int - Out
Fecha (aaaa-mm-dd)

le he agregado una mas que seria "Ingresado" donde los valores varían de 1 a 0 dependiendo si ese dia esta ingresado en la cttc del usuario. Ah lo que va mi pregunta, como hago para cuando calculo las horas del usuario con la función que me pasaron en el link que he publicado arriba, modificar la columna "ingresado" para cambiar un 0 por un 1 y así no tomar mas los registros que estén con 1 sino me tomaría 50 veces el mismo registro de un día y eso no estará nada bien como se darán cuenta.

Saludos