Hola jglm210687
Al interpretar tu idea, creo que te estas enfocando en rehacer la rueda, ya que existen funciones que ya existen y las puedes ocupar para solucionar tu problema. Solo dale otro enfoque a lo que buscas.
Mira existen estas funciones
array_diff
http://www.php.net/manual/es/function.array-diff.php
Calcula la diferencia entre arrays, y te genera un array con todo lo diferente
array_diff_assoc
http://php.net//manual/es/function.array-diff-assoc.php
Calcula la diferencia entre arrays con un chequeo adicional de índices
Puedes recorrer el array y si encuentra diferencias guardalo, asi puedes tener un array unico.
Existen otras opciones pero para eso te sugiero leer el manual o buscar en google como lo hice yo.
Espero haberte ayudado.