Todos los archivos externos, tanto js como css se pueden alojar en la misma carpeta donde tengas tu script y para incluirlos en tu script los debes mandar a llamar con la instrucción:
Código HTML:
<!--js-->
<script type="text/javascript" src="jquery-1.9.1.js"></script> <!--en el src pones la ruta para acceder al archivo-->
<!--css-->
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos.css" />