Cita: Esto puede traer problemas como cuando se actualiza PHP a 5.3+ con los errores DEPRECATE???
MySQL no es PHP, PHP no es MySQL. Lo que PHP haga, mientras no sean temas de acceso a datos, a MySQL no le importa.
Ahora bien, lo que SI puede suceder es que la
librería de acceso a MySQL sea obsoleta, con lo cual tendrás errores en PHP por incompatibilidad.
Pero eso es algo que debes resolver en el foro de PHP.