Tomar el maximo entre varios resultados

[gnzsoloyo]

Vamos a aclarar una cosa: LEFT JOIN y RIGHT JOIN se usan exclusivamente cuando una relación dada es opcional, y se desean obtener aquellos registros sin coincidencias.
En tu diseño, me resulta muy poco creíble que no haya relaciones mandatorias entre las tablas depositos, depositoscertificacion, categorias, provincias, ciudades y tipodeposito. AL menos desde el punto de vista de análisis de sistemas, ese tipo e relaciones debería ser obligatoria.

Por otro lado, si lo que quieres es el registro más reciente, hay un modo más simple.
Supongamos que las relaciones son mandatorias, y probemos esto:

Código MySQL:

SELECT de.id, nombre_deposito, tipo, localidad, provincia, categoria, fecha_certificado, vencimiento, comentarios 
FROM
    (SELECT    
        de.id,
        de.nombre nombre_deposito,
        td.tipo,
        ci.localidad,
        pr.provincia,
        ca.categoria categoria,
        dc.fecha fecha_certificado, 
        DATE_ADD(dc.fecha, INTERVAL ca.tiempos DAY) AS vencimiento, 
        de.comentarios 
    FROM depositos de 
        INNER JOIN depositoscertificacion dc ON (dc.depositoId = de.id) 
        INNER JOIN categorias ca ON (ca.id = dc.categoria)
        INNER JOIN provincias pr ON (de.provincia = pr.id)
        INNER JOIN ciudades ci ON (de.ciudad = ci.id) 
        INNER JOIN tipodeposito td ON (td.id = de.tipo)
    ORDER BY fecha_certificado DESC, td.tipo ASC) T1
GROUP BY id
 

Por otro lado te destaco que si la columna "ID" de la tabla DEPOSITOS es la clave primaria, esto:

Código MySQL:

WHERE de.id > 0
 

no tiene sentiudo, porquer una PK jamás puede ser cero ni tener un valor negativo.

Partamos de esa prueba, dinos qué es lo que te devuelve, y dinos qué es lo que debería devolver.
Postea tablas con datos.