Te respondo con 2 pasos a seguir para eliminar subdominios y documentos ya que en el ejemplo citaste ambos, no sólo subdominios.
1. Crearte una cuenta en
Google Webmasters y agregar el sitio en cuestión.
Una vez que lo hayas agregado (y validado) en el menú de la izquierda:
Índice de Google / Eliminación de URL
En el campo de URL agregás cada documento que quieras eliminar de Google. Ejemplo: /subdominio1
2. Bloquear subdominios con robots.txt
A cada subdominio que NO quieras que los buscadores rastreen subes un documento nombrado 'robots.txt' cuyo único contenido deberá ser:
Código:
User-agent: *
Disallow: /