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[Alexis88]

Simplemente busca el dato en el array ya sea con el método indexOf (nativo de JavaScript) o con el método inArray de jQuery. Si el dato se encuentra en el array, lo retiras del mismo con el método splice, caso contrario, lo insertas con el método push.

Código Javascript:

var array = []; //El array
 
$(".btn").on("click", function() {
    var id = $(this).attr('data'),
        pos = $.inArray(id, array);
 
    if (pos > -1)
        array.splice(pos, 1);
    else
        array.push(id);
});
 

Cualquiera de los dos métodos de búsqueda en arrays devuelve la posición del elemento si este se encuentra o -1 si no está, por eso es que en la condición verifico que el valor obtenido sea mayor a -1 para saber si el dato en cuestión ya está en el array.

Saludos