Cita: Esta es la consulta que he probado DELETE FROM dispositivos WHERE dispositivos = datos_empresa_1, pero claro, me borra toda la fila...cómo puedo hacer para que sólo me borre el campo que busco borrar??
Eso no es un DELETE. Es un UPDATE.
Por definición, DELETE borra todo un registro, y tu no estás planteando eso, sino "blanquear" el campo dado.
Pero más allá de eso tienes un gravísimo defecto conceptual, ya que lo que describes es una relación N:M entre dos tablas, que está representada por la tercera tabla.
En ese contexto, borrar un dato que administra la relación
forzosamente debería borrar el registro entero.
Tengo la fuerte impresión que el problema comienza porque tienes el esquema de datos mal diseñado, y corrigiendolo resolverías más de un problema.
Por lo pronto:
1) Si tienes dos tablas con exactamente la misma estructura, pero con diferencia de
uso de los datos, en realidad tienes una sola tabla, donde hay uno o más atributos discriminadores, o bien una jerarquía (generalización). Separarla en dos es como mínimo un error de de modelado.
2) Si tienes una relación opcional, la relación represnentaría una segunda taba (relación 1:N), como entidad débil.
3) Si hay un "dispositivo" como entidad del sistema, o un grupo de ellos relacionados, no pueden estar representados de esa forma. Peor para darte un mejor consejo deberíamos poder entender qué es ese "dispoitivi" y cómo puede existir sin la "empresa".
Más allá de eso, por favor, prestar atención a las normas del foro de BBDD.