Si tienes los dos motores activos es porque ambos estan escuchando puertos diferentes, al conectarte a una ip para acceder a una base de datos, por defecto te conectas al puerto 1433, pero eso es configurable, posiblemente el sqlserver 2000 este escuchando ese puerto, es cuestion de que busques en tu sqlserver 2008 que puerto esta escuchando y lo escribas asi:
Código PHP:
Ver original$serverName = "181.25.210.180\SKULD-PC, 1433"; // En lugar de 1433 pones el puesto del servidor 2008