Llevo un rato buscando y gratis hay poca cosa. He encontrado una versión lite de un programa que puede servir:
https://www.copernic.com/en/products...p-search/lite/
Tiene límite de 75000 ficheros. Otra opción si sabes algo de java es PDFIndexer, un proyecto de código abierto que usa de base Apache Lucene:
https://github.com/WolfgangFahl/pdfindexer
Salu2.