Cita: #1066 - Not unique table/alias: 'pedidos'
Pues el problema es simple: No estás usando NINGUN alias, y encima estás entremezclando JOINs implícitos con explicitos, lo que es muy mala idea. En ocasiones los resultados son impredecibles.
DE todos modos, no se entiende para qué invocas dos veces esa tabla, cuando en realidad solo la indicas una vez en las relaciones...
Código MySQL:
Ver original P.`nopedido`,
E.`nomempresa`,
PR.`nomproyecto`
pedidos P
INNER JOIN contenidopedidos CP
ON P.
`nopedido`= CP.
`nopedido` INNER JOIN proyectos PR
ON P.
`noproyecto`=PR.
`noproyecto` INNER JOIN empresas E
ON E.
`nomempresa`= PR.
`idempresa`