La libreria que conozco y que utilizo es
jpgraph, puedes generar graficas a partir de array en php, es relativamente facil de usar, aun que claro solo he utilizado las graficas mas simples.
Igualmente estaria interesado en conocer otras alternativas, he estado buscando alguna libreria que hago lo mismo que jpgraph pero genere un svg en lugar de una mapa de bit, pero no he encontrado nada.