Cita: He creado una base de datos MySQL con las siguientes "utf8_general_ci" e "InnoDB" de forma local en mi PC con XAMPP.
He importado dicha DB a mi servicio de Hosting, el problema es que como el servicio utiliza cPanel, el PHPMyAdmin esta mu limitado, carece de varias características que si estan disponibles desde el PHPMyAdmin que se puede instalar en una PC y no me permite crear relaciones internas entre tablas. He consultado con el soporte de mi servicio de Hosting y me han dicho que no sé puede habilitar dicha característica.
El problema no tiene nada que ver con phpMyadmin (que no es MySQL, sino una interfaz para trabajar con MySQL), ni tampoco con cPanel (que no tiene relación con el asunto).
El origen aparente del problema es que ese hosting que usas no tiene habilitado el motor InnoDB en el servidor, por lo que probablemente sólo trabaje con tablas MyISAM.... y en ese caso
no hay nada que puedas hacer a nivel de base de datos.
Solo los administradores del servidor pueden activar el InnoDB, y según comentas no lo quieren hacer.
La sugerencia más sabia sería decirte que los mandes al demonio y te consigas un hosting con InnoDB activado. No vale la pena gastar tiempo sufriendo por ese hosting, que no te va a dar soluciones.
Y tampoco tiene sentido que a estas alturas debas adaptar la aplicación, para que puedas gestionar las relaciones de FK programáticamente.
Buscate un hosting más respetable.