¿Que se debe consideras en un servidor web para almacenar un sitio?

[Iconoclasta]

Estimados

Mi consulta como dice el titulo, es sobre ¿que considerar en el servidor para que al desarrollar un sitio de manera local (Por ejemplo yo hago las paginas en mi equipo con Windows 7 + Wamp Server ) al momento de colocar el sitio web en algún servidor, el sitio se comporte igual que de manera local?

Tuve la experiencia hace tiempo de desarrollar unos formularios web hechos con
html+PHP+MYSQL estos los desarrolle un equipo con windows XP y Wamp server.

los sitios se veían bien y hacían lo que tenían que hacer. Pero al momento de pasar el sitio a un servidor (Este tenia una distribución de Linux ya no recuerdo) y tenia otra versión de mysql y otra de php a la que se trabajo en un inicio. Y bueno el resultado totalmente obvio después de realizar el trabajo. Los formularios se comportaban distinto y se veian distintos. Al final no servia. De ahí aprendí que lo mejor es trabajar sobre el servidor mismo donde se va almacenar el sitio. o tener mucho ojo en las versiones de PHP y Mysql.



Pero bueno ha vuelto a pasar, esta vez creo que el problema es con java script.
Me entregaron unos sitios web HTML Y JS al cual me piden hacer modificaciones, los estoy probando en mi equipo con Wamp Server y he hecho grandes cambios.
Pero al almacenar el sitio en el servidor que me dijeron que me conectara. Los cambios no funcionan.

Hay unos slides que pasan solos, y cuando uno coloca el mouse estos se detienen y otras cosillas propias de JS. Que no pasan en el servidor.

Que deberia tener el servidor actualizado para que esas cosas hechas con JS, o talvez CSS funcionen igual que de manera local?

atento a sus comentarios. Espero me puedan guiar.

¿Será que el servidor debe actualizar java?