Buenas:
Cita: necesitas usar programación estructurada para lograr lo que quieres, así defines funciones reusables que puedas llamar cuando necesites, consulte un manual de programación.
En este caso no sirve crear una función. Es posible que usando Programación Orientada a Objetos y fragmentando el código en clases pueda solucionarlo, pero va a ser una tarea muy tediosa que se puede solucionar con lo que he propuesto en mi primer mensaje.
Cita: Por qué no le cambias el nombre a la variable $mysqli en uno de los dos ficheros?
Hago uso de ese código en distintos módulos que se llaman unos a otros; no es una solución correcta si quiero mantener limpio el código ya que me vería con $query1, $query2, $query3... controlando que dos variables no tengan el mismo nombre
¡en ficheros distintos!.
Considero que la solución es muy sencilla, hacer un exec() (o alguna operación similar) que me devuelva el resultado del fichero. Si alguien me puede ilustrar se agradecería. Un saludo.