Lo que estás intentando hacer es
migrar una base entre diferentes DBMS, cuando muchas de las características pueden resultar incompatibles.
Existen herrameintas para hacer lo que quieres, tanto para exportar la base desde MySQL a SQL Server, como para importar a SQL Server desde MySQL.
Lo que tienes que tener en cuenta es que
no puedes usar simplemente el script de backup tal como sale de MySQL, porque esa exportación es MySQL -> MySQL.
http://msdn.microsoft.com/en-us/libr...ql.110%29.aspx