Como registrar datos en mysql de esta forma

[gnzsoloyo]

Creo que lo que te está faltando es algo de comprensión de los fundamentos del modelo relacional...
Mira, En el modelado de ese sistemas tienes dos entidades: Alumno y Materia, cada una de estas tiene su serie de atributos tales como Alumno(cedula, nombre, apellido, fecha_nacimiento, etc...), Materia(codigo_materia, denominación, otros datos...).
Entre estas dos entidades primarias hay una relación dada que se diría "Un alumno cursa N materias" y su complementaria "Una materia es cursada por N alumnos". Eso es lo que se denomina "relación de cardinalidad N:N" y determina obligatoriamente la existencia de una tabla física que administre la relación, la que podríamos denominar "Alumnos_Materia", con atributos como (cedula, codigo_materia, fecha_alta, periodo_cursada, etc.).
¿Se va entendiendo?
En ese contexto, los alumnos se registran para una materia, a cursar en un determinado período, y en en el cual pueden tener N notas. Este segundo tipo de relación se expresa como "Cada alumno puede tener una o N notas en una misma asignatura), y representa una entidad nueva que se diría "notas_materia_alumno", que responda a una relación de cardinalidad 1:N (cada nota es de un alumno en una materia, pero cada alumno puede tener N notas en la misma materia de la misma cursada). Esa nueva entidad tendría como atributos base (cedula, codigo_materia, fecha_calificacion, calificacion).

¿Como se hacen altas en un esquema así?
Simple: Materia es una tabla fija. La llenas al inicio con lo que existe en el sistema. El resto de las tablas se llenan en orden y en secuencia: Alumno, Alumno_materia, y luego alumno_materia_calificacion.
Las PK de unas tablas sirven de FK/PK en otras en ciertos casos, y bajo ciertas condiciones.

En definitiva, el modelo de datos que propones hasta ahora no sirve. DEbe extenderse para cubrir esos detalles, y recién entonces podrás hacer las correspondientes registraciones.

¿Va quedando claro?

Si quieres otro modelo "más simple", te advierto que te llevará a un cuello de botella insuperable donde deberás si o sí desembocar en un modelado como el que te planteo.
Si realmente quieres hacer una base que te sirva, deberás replantear la cosa, planteando desde el principio reglas de negocio claras (reglas de negocio es la denominación de las reglas que describen cómo se espera que funcione el sistema).