A google no le gusta lo que te está pasando, no le gustan para nada los errores 404.
Tienes que hacer lo que dice Darchy, un redireccionamiento permanente también conocido como redireccionamiento 301.
Por si no te aclaras, tienes que añadir esté código al .htaccess donde le indicas el sitio antiguo a donde va a ir dirigido.
No copies y pegues tal cual el código, cambia las URL que he puesto por las de tus sitios.
Cita: RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sitioantiguo.com$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.sitioantiguo.com$
RewriteRule ^/?$ "http\:\/\/www\.sitionuevo\.com\/" [R=301,L]
Ya nos dices si solucionas el problema.