El error es claro: Primero creas y alimentas al array
$graph, pero luego asignas a esa variable el objeto
Graph, con lo cual todo lo que hiciste antes con esa variable se fue al tacho. Por otro lado, veo que tratas al otro array de esta manera:
Pienso que si haces algo similar con
$graph, podría resultar. Por cierto, si siempre vas a asignarle el valor '2', no es necesario que previamente asignes dicho valor a una variable para luego adicionarlo al array, hazlo directamente.
Saludos