Necesitas hacer uso de las funciones funciones que implementa php para la ejecucion de programas como exec y system. Las cuales puede consultar en el manual de php
http://www.php.net/manual/en/ref.exec.php .
No mencionas la plataforma en la que trabajas pero al menos en sistemas como linux, requieres que el programa pueda ser accedido por el usuario que esta corriendo el servidor de HTTP en algunos sistemas es el nobody, web, etc.. O algun otro. si tu programa necesitas permisos de root en el caso de sistemas *NIX informate del uso de mecanismos como sudo que permiten que un usuario tenga permisos de root en forma temporal.