Solo necesitas tomar al conjunto de checkbox y crear una función que recorra a los elementos de dicho conjunto uno a uno, desmarcando al que ya está marcado y marcando al siguiente, actualizando en cada iteración a un contador que será el que permita llevar el control del bucle. Y para que sea un loop infinito, cuando el valor del contador sea igual al equivalente al último elemento del conjunto de checkbox, le asignamos el valor cero para que vuelva a empezar.
    
Código Javascript
:
Ver original- var checkbox = $(":checkbox"), //Los checkbox 
-     total = checkbox.length, //El total de checkbox 
-     i = 0, //El contador 
-     fn = function(){ //La función que generará los cambios y el bucle 
-         $(checkbox[i]).prop("checked", false); //Desactivo al actual 
-         i = i == total - 1 ? 0 : ++i; //Actualizo el valor del contador 
-         $(checkbox[i]).prop("checked", true); //Marco al siguiente checkbox 
-     }; 
-   
- $(checkbox[i]).prop("checked", true); //Por defecto, se marcará el primer checkbox 
- setInterval(fn, 1000); //Ejecutaré a función cada 1000 milésimas de segundo (1 segundo) 
Saludos