Siempre he considerado que los enlaces internos ayudan a construir el sitio (jamás escuché versión alguna que sostuviese que ejercen un sentido contrario.
Puntos a favor:
- ayudan a los bot o crawlers a reconocer la estructura del sitio
- aportan valor agregado a la página destino enunciando el anchor-text correspondiente
- brindan experiencia al usuario de modo que invitan a recorrer el sitio y tomar conocimiento acerca de él
¿Puntos en contra?
No encuentro ninguno...