Gracias ocp001a, he revisadola base antigua y la nueva y la tabla en cuestión en ambas está la codificación en utf8_spanish_ci y en operaciones/cotejamiento, ambas están en latin1_spanish_ci, vamos, en un principio en ambas están igual.
Tus soluciones,con lo de utf8_encode o utf8_decode el problema es que desde esa página, desde donde descargo los pdfs, he de descargar igualmente los antiguos como los nuevos sin problemas.
Vamos... que estoy más perdido que perdido
