Un dato curioso es que si subo por FTP un archivo con acento o ñ, digamos coruña.pdf y voy a la url del archivo
http://www.xxx.es/historial/coruña.pdf me muestra el mismo mensaje de error.
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The requested URL /historial/yó.pdf was not found on this server.
Additionally, a 404 Not Found error was encountered while trying to use an ErrorDocument to handle the request.