En realidad, el que uses la extensión mejorada MySQLi no tiene absolutamente nada que ver con el resultado que estás obteniendo. Intenta hacer esto:
Código PHP:
Ver original $foo[] = array('usuario' => $fila['usuario'], 'contrasena' => $fila['contrasena']); }
echo '<pre>';
echo '</pre>';
Y muéstranos el resultado que obtienes. También revisa si en la BD no existe ese '1' extra.
Saludos