consultas con relaciones many-to-many ?

[skanskan]

Lo decía porque en algunos sitios dicen que las relaciones many-to-many se deben hacer con una tabla extra, pivote, pero veo que sólo es necesario a veces.

Y otra cosa.
Estaba leyendo eso que comentas de las autojoin, y mirando los ejemplos, junto a los que habéis puesto arriba.

Y veo que en ocasiones usáis
"FROM xxx JOIN yyy WHERE"
y a veces simplemente
"FROM xxx, yyy WHERE"
¿Qué ventaja tiene usar el JOIN?, ¿No es suficiente usar la separación por comas?
Entiendo que el JOIN me va a filtrar eliminando cosas pero así me parece más lioso que poniendo la condición en el Where o en el ON.