Código MySQL:
Ver originalJOIN facturasdetalle
ON productosbodega.ProductosProductoBodega
=facturasdetalle.ProductosFacturaDetalle
AND productosbodega.BodegasProductoBodega
=facturasdetalle.BodegasOrigenFacturaDetalle
SET productosbodega.ExistenciaProductoBodega
=productosbodega.ExistenciaProductoBodega
-facturasdetalle.CantidadFacturaDetalle
WHERE FacturasCabeceraFacturaDetalle
='140828084738613' AND facturasdetalle.ComboProductoFacturaDetalle
<>"1";
Si
FacturasCabeceraFacturaDetalle='140828084738613' y
facturascabecera.CodigoFacturaCabecera= facturasdetalle.FacturasCabeceraFacturaDetalle es innecesario que hagas
facturascabecera.NumeroFacturaCabecera<>"".
Sobre esto
facturasdetalle.ComboProductoFacturaDetalle<>"1" no se que decirte.
En cuanto a si con esto vas a solucionar tu problema lo dudo.
Por otro lado excepto que estes en una situción de variación de precios nula, permanente, (inflación cero). Como solucionas el tema de calcular el valor de las existencias.
Imagina que has comprado del producto X 10 unidades a 10um (unidades monetarias) y unos dias despues 10 unidades mas a 15um, si al dia siguiente vendes 6 unidades de X. Cuanto valen tus existencias. (No me digas que depende de a cuanto hayas vendido las 6 unidades por que no tiene nada que ver).