Muchísimas gracias por vuestras respuestas!
Lo intenté hacer como habéis indicado, pero tengo el problema que, por ejemplo, llamo al header (u otros archivos) con include para que aparezca en todas las páginas. Si no lo hacía absoluto me enviaba un error 404 porque dependiendo del directorio en que me encontraba me dirigía bien o mal.
En index.php dirige bien, pero si estoy en /directorio/descargar/etcetera/blahblah/index.php no, ya que no lo encuentra :\
Muchas gracias de nuevo!