tienes razon jejeje, una discupla, no me acordaba que ya habia preguntado esto y que me habias respondido. Y en efecto es como me comentas el codigo queda asi para usar variables y anclas a la vez:
Código PHP:
header("Location: ../../principal/index.php?mensaje=aqui mi mensaje&href=#modulo3");
muchisimas gracias por la ayuda brindada.