Cita: Me acabo de dar de centa que las bd's que no ageregan las tablas porque en sus carpetas no hay los archivos MYD y MYI, el antigua mysql que tenía en el anterior xampp no creaba esos, sólo los frm
Eso implicaría que las bases de datos mencionadas usan tablas InnoDB, por lo que los datos están en los archivos binarios, los que suelen grabarse en el directorio /data.
Una base con tablas InnoDB no es algo que se pueda trasladar con un simple Copy+Paste.
Lo recomendable es que generes un backup con la propia herramienta que te provee el phpMyadmin (que internamente usa mysqldump.exe), y luego lo restaures en la nueva estructura. Esto no sólo lo hará más seguro, sino que además te evitará tener que mover estructuras de construccion dinámica, como son los archivos de índices, los cuales se reconstruyen por sí mismos cuando restauras una base desde un backup.