De la misma forma:
Código PHP:
$pagospos=mysql_query("SELECT SUM(Pagos) as totalpagospos FROM mitabla WHERE (Tipo='1') "),$ConectaBD);
$rowpagospos=mysql_fetch_array($pos, MYSQL_ASSOC);
$pagosneg=mysql_query("SELECT SUM(Pagos) as totalpagosneg FROM mitabla WHERE (Tipo='2') )",$ConectaBD);
$rowpagosneg=mysql_fetch_array($neg, MYSQL_ASSOC);
$rowpagos=$rowpagospos["totalpagospos"] -$rowpagosneg["totalpagosneg"];
El código es un poco mas largo, necesito hacer la consulta con el if comparando esas varables. No puedo hacer la consulta directa con Mysql para saber directamente si son distintos o no.
Un saludo