Para nada son como las etiquetas nav y tal.... Vamos a ver... Una MasterPage es una página en la cual se basan el resto de páginas que tu les digas... Y en la master, definirás elementos de tipo contenedor así:
<asp:contentplaceholder id="cphContenidoPrincipal" runat="server" />
Y en la página que "herede" de la MasterPage, deberás definir un elemento que contenta los elementos que cambian en cada página de esta forma:
<asp:Content ID="Content1" ContentPlaceHolderID="cphContenidoPrincipal" Runat="Server">
Aquí el contenido que cambia en cada página... Ya sean botones, textbox o un texto simple...
</asp:Content>
Aquí te dejo el enlace a Microsoft con algunos ejemplos de MasterPage:
http://msdn.microsoft.com/es-es/libr...code-snippet-3