Más o menos es lo que comenta Profesor_Falken.
No sirve con añadir un archivo a tu proyecto de forma externa ya que eso es el código fuente, no el código de despliegue.
Por otro los servidores (no sé si todos) hacen una foto de los ficheros durante el arranque, por lo que si modificas un fichero en los directorios de despliegue puede ser que el servidor no se entere porque lo tiene cacheado, dependerá de cómo hagas la lectura del fichero.
http://serverfault.com/questions/402...-file-problems
En el caso de tu xml creo que esto no te afecta, puedes comprobarlo cambiando a mano el xml en el directorio de despliegue y ver si refleja el cambio.