No, cuando ejecutas un jar el directorio raíz es desde donde se inicia la ejecución del jar, por eso tu ruta relativa no funciona.
Como el fichero está dentro del jar, puedes cargar el fichero a través del classpath
http://stackoverflow.com/questions/1...rom-within-jar
También se podría crear una ruta "absoluta" al interior del jar, pero no te lo recomiendo. Sería algo así
file:/ruta/al/jar/nombre.jar!/ruta/dentro/fichero