Hola,
 
he aplicado los cambios sugeridos, sin resultado. 
El código de esta prueba con la versión HTML que se muestre en pantalla    
Código HTML:
Ver original<div class='titulostour'>Actividades Tour:
</div>               
                 <?php do {
                    if ($row_DatosActividad["strActividad"]!=Null)
                    {  
                 ?>
                    <div class='cuadreact'>Inicio:
</div>                     <div class='cuadreact1'><?php echo $row_DatosActividad["hrIniActividad"]?></div>                     <div class='cuadreact'>Fin:
</div>                     <div class='cuadreact1'><?php echo $row_DatosActividad["hrFinActividad"]?></div>                     <div class='cuadreact'>Actividad:
</div>                     <div class='cuadreact1'><?php echo $row_DatosActividad["strActividad"]?></div>                   <?php
                    }
                  } while ($row_DatosActividad = mysql_fetch_assoc($DatosActividad)); 
                   ?>
 
                <div class="clearfloat"></div>                  <div class='Detalleactividad' >Comentarios:
</div>                  <div class='Detalleactividad1'><?php echo nl2br(utf8_encode($row_DatosTour["txtDetalleactividad"])) ?></div> 
  
Con esto, todo flota en su lugar,  
Lo mismo aplico en el codigo PHP para imprimir en PDF    
Código PHP:
Ver original$strHTML = $strHTML ."<div class='titulostour'>Actividades Tour:</div>";
              
                 do {
                    if ($row_DatosActividad["strActividad"]!=Null)
                    {  
                    $strHTML = $strHTML ."
                   <div class='centrado4'>
                    <div class='cuadreact'>Inicio:</div>
                    <div class='cuadreact1'>".$row_DatosActividad["hrIniActividad"]."</div>
                    <div class='cuadreact'>Fin:</div>
                    <div class='cuadreact1'>".$row_DatosActividad["hrFinActividad"]."</div>
                    <div class='cuadreact'>Actividad:</div>
                    <div class='cuadreact1'>".$row_DatosActividad["strActividad"]."</div>
                  </div>";
                    }
                  
//comentario de actividades
        
             $strHTML = $strHTML ."<div class='clearfloat'></div>";
             $strHTML = $strHTML ."<div class='centrado4'>";
             $strHTML = $strHTML ."<div class='Detalleactividad' >Comentarios:</div>";
             $strHTML = $strHTML ."<div class='clearfloat'></div>";
             $strHTML = $strHTML ."<div class='Detalleactividad1'>".nl2br(utf8_encode($row_DatosTour["txtDetalleactividad"]))."</div>               </div>";
  
Lo que veo que hace la diferencia es el CSS "clearfloat" y no esta funcionando al convertirlo en PDF    
Código CSS:
Ver original.clearfloat {
    clear:both;
    height:0;
    font-size: 1px;
    line-height: 0px;
}
  
Alguna idea del porque no me reconoce el Clear  al quererlo imprimir en el PDF? 
Saludos