un logo es algo independiente a una web, no veo porque tenga que depender de cuanto se cobre por una web... se lleva diseñando (y cobrando) por logos mucho antes inclusive de que internet existiera.
Mira este tema por ejemplo:
15 logos famosos y sus costos . Como verás, no hay ningún patrón, se ha cobrado desde casi nada hasta varios millones de usd.
Atar el precio del logo a la web no tiene sentido, sino llegarías al absurdo de cobrar más por un logo sencillo para una web compleja que para un logo complejo de una web sencilla.
Y el logo no es solo una imagen, un buen logo se debe de poder usar en muchos contextos diferentes y que no prestan relación con la web (posters, merchandaising, medios de transporte, camisetas, etc..)