Existen varias estrategias para separa el código de la presentación pero una de la mas popular en php son las plantillas ya sea mezclando php y html o usando un motor de plantillas.
Si crees que el camino es ese, aparte de smarty otras dos excelentes opciones serian:
Twig:
http://twig.sensiolabs.org/
Blade:
https://github.com/PhiloNL/Laravel-Blade,
http://laravel.com/docs/4.2/templates