Primero, si el archivo ya se corrompió, no alcanza con simplemente grabar de nuevo. Deberás recuperar el script original para verificarlo. Pero sin ver el archivo en sí no te puedo dar más ideas.
Segundo, no uso herramientas de nivel experimental para desarrollos (sin ofender), por lo que no conozco ni tengo intenciones de instalar y usar el Sublime Text. Prefiero acudir al MySQL Workbench cuando es SQL, o NetBeans si es PHP, por ejemplo.
Tendrás que acudir a la documentación oficial de esa aplicación para verificar ese punto (
http://docs.sublimetext.info/en/latest/index.html).
Finalmente, si quieres trabajar sobre seguro te recomiendo usar herramientas de desarrollo ya probadas. De hecho, Visual Studio puede editar los scripts de SQL y controlar correctamente el charset adecuado. No veo la necesidad que tienes de usar
Sublime Text para tareas de ese tipo.
Yendo al punto realmente relevante: El script de backup original, ¿lo tienes todavía? ¿De dónde lo obtuviste? ¿Es un backup de alguna base a la que todavía puedes acceder?
En este ultimo caso lo más simple es volver a generarlo... Te llevaría poco tiempo y tendrías lo necesario sin mayores vueltas.
A partir de eso podríamos asegurarnos que el problema está en el script o bien en alguna otra configuración, no tan evidente.