El_Astur,
Asi es, puedes probar con fadeIn y fadeOut. Tambien tienes otras posibilidades como hacer que el item del menu, "vuele" hasta desaparecer y el input aparezca volando desde una posicion remota de la pantalla.
Me alegro que te haya servido. Con jQuery UI tienes varios efectos ya listos para usar.
Te paso el enlace:
http://jqueryui.com/effect/
Saludos,