Pues los códigos van, como cualquier otro de Javascript, donde tú quieras siempre que vayan entre las correspondientes etiquetas SCRIPT. Si se trata de funciones lo más normal es colocarlos entre las etiquetas HEAD de la página al igual que CSS y otro tipo de especificaciones HTML.
Código:
<html>
<head>
<script language="Javascript">
//Aquí tu código
</script>
</head>
<body>
...
También es muy normal, si los códigos son demasiado largos o se van a repetir en varias páginas, colocarlos en un archivo normal de texto con la extensión .js. Aquí el código ya no necesita estar englobado entre las etiquetas SCRIPT. Sólo te queda señalar en la página que quieres hacer referencia a ese archivo para llamar a las funciones.
Código:
<html>
<head>
<script language="Javascript" src="archivo.js"></script>
</head>
<body>
...
Un saludo.