Primero: utiliza Highlight al subir codigo.
Segundo.
debes leer el archivo en binario con php y despues descargarlo al cliente todo desde un solo archivo de descargas (descarga_file.php).
donde tengas el control de que archivo descargar.
a descarga_file.php le pasas el nombre de archivo a leer y despues php lee el fichero y lo imprimes con un echo o un printde modo que nadie tenga acceso a la carpeta real que contiene los archivos.