Problemas al ordenar html Java

[nervagc]

Buenas colegas, soy principiante en el mundo de la porgramacion, tengo varias dudas las cuales sere muy puntual y tratare de explicarlas las mas detalladas posible, me gustraria que me respondan de manera puntual según el numero de pregunta para que me quede mas claro, gracias de antemano por toda la ayuda que me brinden.

Les diré un poco del problema inicial:
Estoy trabajando con:
--NetBeans IDE 8.0.1, en el desarrollo un proyecto de Java Web (básicamente de reportes en linea)
--Base de datos Oracle
--Manejo: HTML, JSON, Servlets, Paquetes de Datos, CCS, JavaScript, e imágenes
--En este momento se cuentan con 22 HTML con sus respectivos JavaScritps.

El problema:
Actualmente esos reportes únicamente son para un país, me piden que agregue 4 mas, y no quiero por orden y estética meterlos en la misma carpeta donde están los JavaScrips(quiero dividirlos por pais dentro de la carpeta JS) y los HTML dividirlos por pais en la carpeta web Pages.

Que necesito saber:

1- Es recomendado manejar el JavaScript dentro del mismo HTML(en este momento están divididos en la carpeta JS)
2- Trate de dividirlos dentro de cada carpeta Web Pages(por pais), JS (por pais) se maneja de esa manera?
3- Al hacer eso no me sirvio los servlets, es decir no los reconoce el JS?
4- Cual es la manera recomendada para ordenar paginas con JS, HTML, Servlets de manera grande(muchas paginas)

Favor responder las cuatro de esa manera para entender, GRACIAS de antemano por la ayuda, espero explicarme bien
sino y alguien se conmueve le puedo dar mi skype así me ven mi pantalla