Bueno listo, ya se resolvió. No se porque el javascript no se ejecuta cuando hay un formulario. Opté por hacer un <iframe> dentro de la pagina. Llamo a mi iframe con el SUBMIT del PHP y le paso en un método GET las variables necesarias para proceder a los querys en la BD. Y luego tal cual está el script. La única diferencia es que en mi checkbox tengo que añadir todas las funciones que preciso para que me salgan los valores.
Código HTML:
Ver original<input type="checkbox" onclick="sumarCuota(); sumarInteres(); sumarTotal()" />
Por demás mis funciones JS solo hacen suma de los valores seleccionados.
Saludos