Saturacion de mysql

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Hola, gracias a todos por responder, sus ideas me ayudaron a revisar el codigo y descartar opciones, finalmente pude solucionarlo. El problema como dijo Charlie1 se encontraba en el php.. aparentemente el usuario hacia click en "seleccionar todos" en la pagina de productos, antes de que cargue la pagina, y solo seleccionaba los checkbox creados hasta ese momento. Por eso el arreglo a veces no contenia los valores de todos los "id_producto" y por lo tanto alguno no los ejecutaba. Por lo menos restringiendo el uso del boton hasta que la pagina se cargue por completo funciono. Saludos y muchas gracias.