Fabián, el OScommerce está hecho totalmente en PHP, y es GPL, por lo que viene con source code, por tanto, realmente puedes hacer lo que quieras con el, e implementarlo en tu sitio como desees.
El OSC, viene asi integrado ya en un "simil-phpnuke" o algo asi, digamos con toda la interfaz ya realizada... respecto al MIVA, sabemos que es un shopping cart de pago, pero no sé como funciona realmente, ni como se implementa el codigo en la web "ya hecha" como dices.
Lo que te puedo decir, es que en el caso del OSC, tienes todo el codigo fuente, y hay miles de personas que lo usan, por lo que es muy facil conseguir ayuda o hacks, o cosas de esas.
Checkout this sites using OSCommerce to see how far you can customize ...
http://www.thevinyladvantage.com/test/ http://www.ironworktest.com/ http://www.drako.it/catalog/ http://www.wickedsunglasses.com/catest/
Asique ya ves ... :)
Saludos.